Началникът на Националната служба за охрана (НСО) ще има правото с писмено искане да търси съдействие на Специализирания отряд за борба с тероризма (СОБТ) за охраната на мероприятия. Това е записано в проект на инструкция за взаимодействието на НСО и МВР. На практика този текст допълнителни правомощия на службата и поставя отново на дневен ред критиките за мястото ѝ в системата за национална сигурност.
С ангажирането на антитерористичния отряд на практика службата излиза далеч извън правомощията си, свързани само с охраната на застрашените лица. Подобни "антитерористични" правомощия на НСО бяха заложени и в закона за службата, с които на гардовете се разрешава да извършват обиски и арести на заподозрени лица, включително и упражняването на сила спрямо малолетни лица и бременни жени с използването на помощни средства, сред които - шокови куршуми, електрошокови палки, химически вещества и дори бронирани машини.
Нещо повече: в текста на инструкцията е посочено, че подобно искане може да бъде отправено и от "оправомощен" от началника на НСО служител до главния секретар на МВР.
В инструкцията има и сериозни противоречия със Закона за НСО. В нея е записано, че отговорните служители при организиране дадено мероприятие ще определят определят периметъра, подлежащ на охрана, "като включват в него обекти, транспортни средства и маршрути, свързани с предвидено пребиваване и придвижване на охраняваните лица". Според закона обаче това се прави от специално формирана в НСО комисия, когато охраната засяга случаи на повишена застрашеност. Това не е отбелязано в инструкцията и на практика дава свобода за вземане на решения без за това да се иска санкцията на въпросната комисия. По този начин се официализира липсата на и без това формалния контрол при дейността на службата.
Друго противоречие на инструкцията със закона са текстовете, свързани със задържането на лица. Според Закона за НСО това става по реда на инструкция на началника на службата, а съвместната дейност на МВР и НСО се определя от друга, съвместна инструкция на началника на НСО и министъра на вътрешните работи (чл. 36, ал. 8 от ЗНСО). Въпреки това в мотивите към инструкцията е направено свободното тълкувание, че въпросният текст от закона предвижда и двете дейности да бъдат определени в една инструкция.
Преди приемането на новия закон за службата се появиха критики за мястото ѝ в системата за национална сигурност. Според бившия военен министър Бойко Ноев, мястото на НСО е под шапката на МВР. Мотивите на Ноев са свързани с това, че по този начин ще бъде решен въпросът с действието на службата при терористична заплаха. Според него този въпрос е трябвало да бъде решен със закона за противодействие на тероризма. Подобно е и мнението на експерта по национална сигурност Илиан Алипиев, който понастоящем е съветник на президента по въпросите на сигурността. Според него службата трябва да бъде разформирована и подчинена на Охранителна полиция.