Като човек, който цели 26 години управлява Софийска епархия, той активно участва в икуменическото движение и упорито работи за сваляне на схизмата, наложена през 1872 г. на Българската екзархия. Страстен русофил и славянофил, през 1943 г. неуморно участва в движението за спасяването на българските евреи по време на Втората световна война. Като български екзарх открито се противопоставя на въвличането на свещениците в политическия живот в страната.
Поради твърдото си несъгласие с политиката на новата комунистическа власт към православната църква и негативно отношение към религията, на 6 септември 1948 г. е принуден да подаде оставка като български екзарх. На 24 ноември 1948 г. е интерниран в село Баня, Карловско, където умира през 1957 г. Погребан е в катедралната църква „Успение Богородично“ на Бачковския манастир
И до днес Екзарх Стефан остава символ на християнските добродетели, национални ценности и спасител на българските евреи.