Немцов може да е жертва на опит за дестабилизиране на страната. Това е първата хипотеза, по която работи руското следствие във връзка с убийството на опозиционера Борис Немцов, за която съобщи говорителят на Следствения комитет на Русия Владимир Маркин. Той обясни, че стрелбата е извършена с пистолет „Макаров“. От мястото са иззети шест гилзи от 9-милиметрови куршуми от различни марки, пише Дни.ру.
Друга версия, по която се работи, е ислямската следа, тъй като Немцов е получавал заплахи за позицията си относно атентата срещу френския вестник „Шарли ебдо“. Проверява се и хипотезата за свързаност на убийството с украинските събития. „Известно е, че сред участниците в украинския конфликт има много крайни радикали, които не се подчиняват на никакви власти. Не е изключено и търговската дейност на Немцов, лични спорове и други битови конфликти да стоят зад убийството“, посочи Маркин. След 2003 година Немцов е работил като съветник на украинския президент.