На днешния ден през 1944-на е последният разузнавателен полет на автора на „Малкият принц”, от който не се завръща.
Критиците го величаят като един от най-големите романтици на миналия век и автор и на великолепните книги "Нощен полет", "Земя на хората" с оригинално заглавие "Вятър, пясък и звезди", "Южна поща”.
Смъртта му е сред най-големите загадки в историята на Втората световна война. Заради тежките мозъчни травми, които получава в катастрофа през 1921 г., писателят имал забрана да лети. Въпреки това, когато избухва войната, Екзюпери се включва във въздушните сили на съюзниците. Лично генерал Дуайт Айзенхауер помага да го включат в разузнавателна ескадрила и задачата му е да прави въздушни снимки на движенията на немските войски по Рона.
Години наред се смяташе, че се е разбил със своя Lightning P-38. През 2008-а обаче асът Хорс Риперт признава в биографичната си книга, че вероятно той е свалил самолета на писателя при разузнавателна мисия с над морето близо до Тулон. Разбрал обаче много по-късно кой е пилотирал лайтнинга.
„Ако знаех, че това е Сент Екзюпери, нямаше да го сваля”, отбелязва Риперт в книгата си. Според други източници обаче смъртта на писателя може да се дължи и на пилотска грешка, както и на повреда в двигателите
През 1998 г. един рибар в Марсилия открива в мрежите си гривна с името на авиатора. Малко след това са идентифицирани отломките на самолета на място, където никой не предполага, че могат да бъдат намерени. Сент Екзюпери няма гроб, но паметна плоча в Пантеона на най-великите личности на Франция бележи мястото му в историята.