Св. Йоан Кръстител е наричан още „суровият със самия себе си“. Според Евангелието Йоан води аскетичен живот на бреговете на река Йордан, носи груби одежди от камилска вълна и се храни с див мед и акриди.
Защо светецът обикновено е изобразяван държейки собствената си глава.
Юдейският цар Ирод се опитва да съблазни жената на своя брат Филип Иродиада. Йоан Кръстител става свидетел на случващото се и се обръща към него с изобличителните думи: „Ти не трябва да я имаш!“ След тези си думи той е затворен в тъмница. На рождения си ден Ирод дава пиршество и дъщерята на Иродиада, Саломе, танцува за него. След като тя приключва танца си, той ѝ се заклева, че ще ѝ даде каквото поиска. Саломе пита майка си какво да пожелае, а тя ѝ отговаря: „Главата на Йоана Кръстителя.“ За да изпълни клетвата, си Ирод дава заповед да обезглавят Йоан и да донесат главата му на тепсия на танцьорката.
След като му отсичат главата, Иродиада нарежда да не я погребват заедно с тялото, тъй като се страхува от възкресението на страшния пророк. Затова заравят главата му на тайно и неизвестно място дълбоко в земята. Нейната придворна Йоана, жената на Хуза, не може да търпи главата на един Божи човек да остане на това безвестно място и тайно я откопава и я отнася в Йерусалим, където я погребва в Елеонската гора.
Без да знае това, когато цар Ирод разбира, че Иисус извършва големи чудеса, се уплашил и казал:
„Това е Йоан, когото аз обезглавих. Той е възкръснал от мъртвите."
По-късно един богат човек повярвал В Христа, оставя имане и служба и се замонашва под името Инокентий. Заселва се на Елеонската гора на същото място, където е погребана главата на Йоан Кръстител. Пожелава да си иззида килия и започва да копае. Намира съд, в който има глава, за която по тайнствен начин му е явено, че е на Предтечата. По Божията промисъл тази чудотворна глава се предава от ръка на ръка до времето на благочестивата царица Теодора – майка на Михаил и жена на цар Теофил – и по времето на патриарх Игнатий е пренесена в Константинопол.
Според други източници, главата на Йоан-Кръстител е погребана в църква, основана от царица Елена, майка на Константин Велики по време на поклонението ѝ по Светите земи и носеща в неговото име. Църквата „Св. Йоан Кръстител“ в Дамаск просъществувала до 635 г., когато мюсюлманите завземат града и я превръщат в джамия, известна днес като Омаядската джамия или Голямата джамия в Дамаск. Една от най-големите в света, в нея и до днес се съхранява главата на Йоан Кръстител, открита при археологически разкопки.
През 2001 г. папа Йоан-Павел II посещава Дамаск и Омаядската джамия, като се покланя на светите мощи. С това става и първият папа, влязъл в джамия.
В специалния отдел на музея Топ капъ в Истанбул, бившият петстотин годишен дворец на османските владетели, са изложени и няколко от най-свещените за мюсюлмани, християни и юдеи реликви. Сред тях освен вещите на пророка Мохамед, са и: стъпка на пророка Моисей, жезълът на същия велик пророк и обкована в злато и сребро ръка на свети Йоан Предтеча, който също е почитан от мохамеданите.
Тялото на светеца най-вероятно се съхранява в Александрия, където още средновековни източници посочват, че то почива. Намереният скелет на мъж с липсваща глава и датиран към 1 в. потвърждават, доколкото е възможно, това твърдение.
На 28 юли 2010 година в България при археологическите проучвания на средновековния манастир „Свети Йоан Кръстител“ на остров Свети Иван, близо до Созопол, в основите на най-старата му църква построена в края на IV – нач. на V в. при разчистването на основата на олтарната маса на дълбочина 0,6 m под пода е открит мраморен реликварий (мощехранителница) с форма на малък саркофаг, дълъг 18 cm и висок 14 cm. Реликварият от алабастър съдържа части от ръка, лицева част и зъб. Появяват се съобщения в медиите и репортажи, гласящи, че за някои български учени откритите мощи принадлежат на Свети Йоан Предтеча и са донесени в Созопол в 4 век от Константинопол.
9:31 24.6.2017 г.През юни 2012 година екип на професорите Том Хигам от Оксфордския университет и Ханес Шрьодер от университета в Копенхаген публикуват ДНК анализ, според който всички намерени частици са на един и същ човек, който е живял в Близкия изток в началото на 1 век след Хр. Мощите се съхраняват в созополската църква „Свети Cвети Кирил и Методий“.